Впервые о необходимости сохранения Чоргунской башни говорил ещё академик К. Кёллер, посетивший Чоргунь в 1821 г. При этом исследователь отнёс башню к категории памятников, которые «можно поправить с малыми издержками» [1, с. 308].

В XIX в. этот памятник архитектуры подвергся влиянию ряда факторов, которые не самым лучшим образом отразились на сохранности его первоначальной архитектуры. Так, например, некоторое время в башне жили две дочери Стефана Мавромихали. Они «отделали её в восточном стиле, увешав коврами и оружием, соответственно романтическому духу того времени. Они жили в полном уединении, и по праздникам пушка палила с высоты платформы старой башни» [2, с. 41]. Не обошла стороной башню и Крымская (Восточная) война 1853-1856 гг. Сразу после занятия русскими войсками Чоргуня в начале октября 1854 г. вдоль р. Чёрной были выставлены аванпосты [3, с. 268], а в Чоргунской башне были «расположены штуцерные из отряда генерала Липранди», так как англичане из лагеря, расположенного на Сапун-горе спускались командами к Чёрной речке за водой и дровами [4, с. 264]. Немного позже на крышу башни подняли два орудия, которые обстреливали лес на левом берегу р. Чёрной, командиром этой своеобразной батареи стал поручик 16-й артиллерийской бригады Максимов [5, с. 166].

Обследовавший башню в 80-х гг. XIX в. А.Л. Бертье-Делагард отмечал, что от межэтажных перекрытий башни осталась лишь одна балка, а «остальные недавно порублены на дрова». На верхнюю платформу башни подняться было уже невозможно. Также исследователь говорил, что в это время Чоргунская башня использовалась в качестве сельскохозяйственного склада [6, с. 248-249]. А.И. Маркевич, который обследовал башню в 1911 г., обращал внимание на то, что «она в последнее время пострадала, так как камни во входной двери её падают и разбиваются, впоследствии чего эту арку необходимо ремонтировать» [7, с. 36].

В 1924 г. Чоргунская башня и усадьба Лашкова, как собственность «неблагонадёжных», были переданы под общественный семенной фонд Чоргунского сельского Совета [8, л. 38]. Интересно заметить, что спустя более чем 20 лет – в 1946 г., Чоргунская башня числилась среди имущества, закреплённого за колхозом «12-я годовщина Октября» [9, л. 10]. К 1927 г. относится довольно тревожное сообщение, в котором говорилось, что «производятся работы по углублению канала р. Чёрной в Верхнем Чоргуне для отвода русла реки от обрыва имеющего около себя невдалеке историческую (Греческой эпохи) башню. Расстояние обрыва от башни с каждым годом уменьшается. Вода реки всё больше подмывает обрыв и башне грозит катастрофа. Население срочно работы по ликвидации обрыва выполнить не может из-за нагрузки общественными работами…

Требуются неотложные работы по ликвидации обрыва во избежание дальнейшего приближения обрыва к башне колоссальной величины» [10, л. 33].

Не пощадила башню и Великая Отечественная война. Зимой 1942 г. довелось Чоргунской башне снова превратиться в крепость. Во время ночной вылазки взвод разведки 5-го батальона 7-й бригады морской пехоты под командованием вышеупомянутого старшины второй статьи И.П. Дмитришина наткнулся у Чоргунской башни на немецкие войска. Разведчики отступили к башне, по приказу командира взвода солдаты заняли бойницы и начали круговую оборону. Вначале противник обстреливал башню из двух пулемётов, затем начал обстрел из миномётов. Один из снарядов попал в верхнюю бойницу. Утром подошёл немецкий танк и выстрелил по башне прямой наводкой. С советской стороны обстрел немецких позиций начали тяжёлые миномёты комбата О.В. Филиппова. И.П. Дмитришин кинул противотанковую гранату в машину с немецким подкреплением, та взорвалась и упала в русло речки с крутого склона. После этого советские разведчики смогли перейти линию фронта [11, с. 120-124].

Проведённое в 1957 г. обследование Чоргунской башни специалистами в области архитектуры, показало, что данное сооружение находилось в неудовлетворительном состоянии. К этому времени купольное перекрытие было уже в плохом состоянии, а центральная часть вообще обвалилась [12, л. 47]. Постановлением Совета Министров УССР от 24.08.1963 г. Чоргунской башне был присвоен статус памятника архитектуры республиканского значения [13]. В 1975 г. Исполком Севастопольского городского Совета депутатов трудящихся принял решение (№ 813 от 08.12.1975 г.) о проведении необходимых работ по сохранению этого памятника архитектуры, облагораживанию прилегающей к нему территории (установка забора и охранной доски) и выделении на эти мероприятия необходимых средств [14, л. 135]. Но дальше составления сметы на работы в 1976 г. (1560 руб.)  дело не пошло [15, л. 19].

В последствии было выполнено ещё несколько обследований башни. Так, в 1989 г. этим занимался специальный научно-реставрационный проектный институт «Укрпроектреставрация». Авторский коллектив, в состав которого входили Ю.В. Дмитриевич, В.П. Гаврилюк, Л.Ф. Габдрахимов, В.И. Новак, И. Пешехонов, провёл научное, натуральное, инженерное и техническое обследование памятника [16, л. 2]. В результате была констатирована острая необходимость в проведении ремонтно-реставрационных работ с восстановлением первоначального облика сооружения [16, л. 7]. Подобные работы Ю.В. Дмитриевич, Л.Ф. Габдрахимов и О.Я. Савеля провели и в 1990 г. [17, л. 2].

Одним из результатов выполненных работ явилась разработка проекта реставрации Чоргунской башни. Однако, он содержал один, но существенный недостаток, который появился из-за укоренившейся в отечественной историографии точки зрения А.Л. Бертье-Делагарда о турецком или татарском происхождении башни. Она была практически безоговорочно принята как основная всеми, кто участвовал в разработке проекта реставрации. В свою очередь это привело к появлению проекта, в котором башня представлена как сооружение чисто восточного характера [18, л. 1-7]. Напомним, что археологических исследований ни самой башни, ни прилегающей к ней территории не проводилось. Только в 1889 г. Ф.Ф. Лашков частично зачистил линию керамического трубопровода, который питал водой с ближайшей к северу возвышенности, цистерну в башне [19, с. 112]. Следовательно, без анализа такого важного в данном случае археологического материала, выполнение таких проектов, мягко говоря, нецелесообразно.

Но в следующем, 1991 г. евразийская сверхдержава исчезла, а вместе с ней надежды на воплощение в жизнь проекта, оставшегося теперь только на бумаге. Тем временем Чоргунская башня находится в плачевном состоянии. Среди основных её проблем, практически полное обрушение перекрытия в 1988 г., полная утрата всех деревянных перекрытий и лестниц внутри, большое количество трещин в стенах, утрата большей части штукатурки, выветривание и вымывание кладки, почти полная утрата архитектурных деталей, вывалы камня из кладки до 1-1,5 м². Кроме того имеется большое количество вывалов одиночных камней, в период Великой Отечественной войны в районе первого яруса появился пролом до 3 м, кладка испещрена следами от пуль и осколков, много проёмов заложено камнем и кирпичом, ребро между 4 и 5 гранями перестроено без сохранения первоначальной формы и др.